フリーソフトのエミュレータを用いて、IPネットワーク上の遅延やパケットロスを再現検証していますが、Apposite Technologies社製品と大きく違う部分は何ですか？

大きくは精度の違いです。ソフトウェアによるエミュレートを行う場合、パソコンが市販Ethernetボードを使用して
いるため、処理能力の問題があります。加えてOS上で使用しているため、割込み処理が入るため正確なエミュレーションができません。